주식의 포괄적 교환에 의한 과세이연을 받은 후 주식을 양도할 경우 양도소득세 과세여부

완전자회사의 주주가「조세특례제한법」제38조제1항에 따라 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는「조세특례제한법 시행령」제35조의2제4항 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것임

[회신] 1.「조세특례제한법」제38조제1항 각 호의 요건을 갖춘 내국법인이「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(주식의 포괄적 교환등)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있는 것이고, 2. 완전자회사의 주주가「조세특례제한법」제38조제1항에 따라 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는「조세특례제한법 시행령」제35조의2제4항 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - A법인과 B법인은 특수관계로 A법인이 B법인의 지분 76.4%를 보유중임 - A법인은 B법인 지분 중 기타주주가 보유하고 있는 23.6%를 대상으로 현물출자 형태의 신주 유상증자를 통해 100% 완전자회사로 전환을 계획 중임 ○ 질의내용 - 주식교환을 통한 완전자회사 전환시 주식의 포괄적 교환에 의한 B법인 기타주주의 양도소득세 과세이연에 해당 시, A 법인이 증권거래소에 주식을 상장한 후 해당 주식을 양도하는 경우 과세이연된 양도소득세가 소멸되는지 여부 2. 관련법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다. 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〇 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액 2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. ③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다. 1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액 2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 ④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. ⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다. 1. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항 에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액 2. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항 에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액 ⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제3항 에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다. 1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척 2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다. ⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다. ⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. ⑩ 제9항에 따른 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다. 1. 제6항에 따른 주주 및 지분비율이 100분의 1 이상인 주주가 보유하던 주식: 「소득세법」 제97조제1항제1호 에 따른 취득가액 2. 제1호의 주주 외의 주주가 보유하던 주식: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 순자산장부가액에 해당 주주의 지분비율을 곱한 금액 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다. <개정 2012.2.2> ⑫ 완전모회사가 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9항에 따라 계상한 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제9항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 ⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑮ 법 제38조제2항을 적용받으려는 완전모회사는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정 명세서 및 완전자회사 주식의 장부가액 합계액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 〇 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에의한 완전모회사의 설립】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다. ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. 〇 상법 제360조의15【주식의 포괄적 이전에의한 완전모회사의 설립】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전(이하 이 관에서 "주식이전"이라 한다)에 의하여 완전모회사를 설립하고 완전자회사가 될 수 있다. ② 주식이전에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 소유하는 그 회사의 주식은 주식이전에 의하여 설립하는 완전모회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 주식이전을 위하여 발행하는 주식의 배정을 받음으로써 그 완전모회사의 주주가 된다.